Do zadań i kompetencji Kancelarii Niejawnej należy w szczególności:

1. prowadzenie dziennika ewidencji pism przychodzących i wychodzących,
2. prowadzenie innych dokumentów zawierających ewidencję wykonanych i wydrukowanych dokumentów niejawnych,
3. sprawowanie bezpośredniego nadzoru nad obiegiem dokumentów niejawnych w Urzędzie,
4. przedstawianie pełnomocnikowi ds. ochrony informacji niejawnych wykazu materiałów zawierających informacje niejawne, którym należy przedłużyć okres ochronny,
5. udostępnianie lub wydawanie dokumentów zawierających informacje niejawne,
6. wykonywanie poleceń pełnomocnika ds. ochrony informacji niejawnych,
7. prowadzenie bieżącej kontroli postępowania z dokumentami zawierającymi informacje niejawne, które zostały udostępnione pracownikom,
8. egzekwowanie zwrotu wydanych dokumentów zawierających informacje niejawne,
9. archiwizowanie dokumentów zgodnie z obowiązującymi przepisami.